A gestão do programa Ageuni é realizada por meio de um Comitê Estadual e de comitês regionais, com ampla representatividade do setor empresarial, do Governo do Estado, dos municípios e demais segmentos da sociedade com atuação relacionada aos objetivos do programa.

Presidido pelo titular da Secretaria de Estado da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior do Paraná (Seti), o Comitê Gestor Estadual da Ageuni é composto pelas seguintes instituições:

• Associação dos Municípios do Paraná (AMP);
• Federação das Indústrias do Estado do Paraná (Fiep);
• Federação da Agricultura do Estado do Paraná (Faep);
• Federação do Comércio de Bens, Serviços e Turismo do Estado do Paraná (Fecomércio);
• Federação das Associações Comerciais e Empresariais do Estado do Paraná (Faciap);
• Federação das Empresas de Transporte de Cargas do Estado do Paraná (Fetranspar);
• Organização das Cooperativas do Paraná (Ocepar);
• Serviço de Apoio às Micro e Pequenas Empresas do Estado do Paraná (Sebrae/PR);
• Secretaria da Fazenda do Paraná (Sefa);
• Secretaria de Estado da Inovação, Modernização e Transformação Digital do Paraná (SEI);
• Secretaria de Estado do Planejamento do Paraná (SEPL);
• Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná
• Receita Estadual do Paraná

Os comitês regionais são presididos pelos reitores das respectivas universidades estaduais, com possibilidade de delegação das atividades, sendo vedada a subdelegação. São atribuições dos comitês gestores regionais da Ageuni:

• Definir metodologia de seleção de iniciativas locais e regionais para recebimento do fomento;
• Promover a articulação e a interação entre municípios, setor produtivo, sociedade civil organizada, universidades estaduais e outros entres públicos para atendimento dos objetivos propostos;
• Publicar as iniciativas realizadas no âmbito do programa Ageuni nas respectivas regiões;
• Redigir um regimento interno;
• Reunir-se, no mínimo, semestralmente.

Cada unidade da Ageuni é vinculada a uma universidade estadual paranaense como estratégia de atuação descentralizada e utilização das estruturas acadêmicas das instituições de ensino superior ligadas ao Governo do Estado, a fim de atender demandas locais e regionais. O programa é desenvolvido nas estruturas dos Núcleos de Inovação Tecnológica (NITs) e agências de inovação das universidades.

Foram implantadas nove unidades da Ageuni:

• Universidade Estadual de Londrina (UEL) – Londrina
• Universidade Estadual de Maringá (UEM) – Maringá
• Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG) – Ponta Grossa
• Universidade Estadual do Oeste do Paraná (Unioeste) – Cascavel e Francisco Beltrão
• Universidade Estadual do Centro-oeste (Unicentro) – Guarapuava
• Universidade Estadual do Norte do Paraná (UENP) – Jacarezinho
• Universidade Estadual do Paraná (Unespar) – Campo Mourão e Paranaguá